הנהלת האיגוד מורכבת מחברי האיגוד, שנבחרים אחת לחמש שנים על ידי החברים.

ההנהלה מתכנסת מידי רבעון ובהתאם לצורך ודנה בנושאים שהאיגוד מארגן עבור החברים.

כמו כן, נציגי הההנלה משתתפים בישיבות בוועדות הכנסת, השלטון המקומי ומול משרדי ממשלה וגופים ציבוריים.

בשנת 2017 הוקמה וועדת היגוי לקידום שכרו ומעמדו של הקב"ט.