הנהלת האיגוד מורכבת מחברי האיגוד, שנבחרים אחת לחמש שנים על ידי החברים.
ההנהלה מתכנסת מידי רבעון ובהתאם לצורך ודנה בנושאים שהאיגוד מארגן עבור החברים.
כמו כן, נציגי ההנהלה משתתפים בישיבות בוועדות הכנסת, השלטון המקומי ומול משרדי ממשלה וגופים ציבוריים.
בשנת 2019 נערכו בחירות ליו"ר ולהנהלת האיגוד.